接第一季结尾，仙帝牧云渡第九重天劫失败，灵魂附身到废柴高中生林木身上。他发现地球灵气稀薄，必须用“科学修仙法”——结合健身、饮食和电磁场来淬体。第二季中，牧云不仅要应付校园生活，对抗暗中觊觎他的魔道组织“暗月”，还要参加“全国高中生武道大会”。他的死对头是同样隐藏在都市中的魔尊转世。牧云通过发明“灵力健身环”和“奔跑吧修仙”APP，秘密培养了一批都市散修。本季高潮是武道大会决赛，牧云对战魔尊，双方肉身强度达到“十万层”境界，一拳打碎了体育馆的次元壁，导致真实与虚幻融合，为第三季埋下伏笔。
制作水准比第一季提升明显，打斗场面更加流畅，分镜极具冲击力。最大的亮点是把修仙体系和现代职场、校园文化结合，产生了奇妙的喜剧化学反应。男主一本正经地装逼，完全不尴尬。
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